La Economía de San José del Guaviare es de tipo comercial, donde el sector urbano y rural usufructúa de este servicio; y a menor escala la producción agrícola y ganadera.
En el sector agrícola se cultivan los siguientes productos: maíz, plátano y yuca; y en menor escala el arroz y algodón. Además de estos productos se cultivan vegetales y verduras para el autoconsumo.
El segundo renglón de la economía del Municipio está representado por la ganadería, que a su vez ocupa el primer renglón de exportación. Además el Municipio en los últimos quince años ha venido desarrollando la piscicultura en estanques realizando la explotación con cachama. Igualmente se realiza la pesca artesanal en el Río Guaviare, que además de proveer el mercado local, también abastece el mercado de Villavicencio y Bogotá.
También en algunos sectores se presenta el uso de recursos poco racionalizados, configurándose un escenario de conflictos en donde interactúan una economía de cultivos ilícitos, que es factor preponderante de presión sobre el Área de la Reserva Forestal y la presencia de conflictos armados.
